以下为尸魂界在动漫和小说中提及的组织机构，职权由上到下依次减弱。

只负责贵族的相关事宜，权限高于四十六室

中央四十六室，尸魂界最高的司法机关。由四十位贤者和六名审判官组成，死神无论在尸魂界或是现世中犯下的罪孽都会接受四十六室的审判。如果裁定需要出动武力的话，就会通过秘密的消息地道，用密令符向十三番队或其他执行部队下达命令。凡是已经做出的判决，连山本总队长也不准提出异议。其安全由第七番队负责，原四十六室成员被蓝染屠杀，大战后又重新选举成立新的四十六室。

王族专属特务，不受中央四十六室领导，而是直接受命于王室，是比护廷十三番队还要高级的番队，目前仅有5名顶级队长组成，直接受命于灵王，负责守护灵王宫和灵王。

护庭十三队，尸魂界最重要组成部分之一，目标是保护瀞灵廷的安全，所以叫“护廷十三队”。最初的护庭十三队是由山本元柳斎重国创立的一个杀手组织，后来接替零番队守护瀞灵廷的安全，及维护尸魂界与现世的秩序。受中央四十六室领导，目前为止无论大事小事皆由十三队的个队长出面解决。

专门从事打开通道、撑开结界、封印等任务。组织严密，分工明确，不受护庭十三队管辖，直接受命与中央四十六室，组织比较神秘，目前只知道大鬼道长——握菱铁斋，副鬼道长——有昭田钵玄，擅长使用各种鬼道与时间、空间禁术。